O objectivo do Divertimento Atómico é construir moléculas usando os átomos base que lhe são fornecidos. A molécula em construção é mostrada num quadro da janela principal.
Carregando num átomo fará com que surjam setas à sua volta. Essas setas indicam as direcções em que o átomo se pode mover. Após carregar numa seta o átomo mover-se-á nessa direcção até alcançar um bordo ou outro átomo. Se as ligações de dois átomos se tocarem, os átomos formarão uma molécula. Só pode ser deslocado um átomo de cada vez.
O nível é completado quando a nova molécula tiver a mesma estrutura que a mostrada no quadro.
Nos níveis superiores, serão necessárias algumas capacidades tácticas para solucionar o puzzle.
A classificação mais elevada neste jogo é, na realidade, o menor valor, já que o objectivo é solucionar o nível no menor número de movimentos possível. A Classificação na janela principal mostra o menor número de movimentos usados para esse nível. A tua clasificação mostra o número actual de movimentos.
A barra deslizante no topo direito da janela principal muda o nível do jogo.